El microscopio electrónico de barrido, al igual que los TEM utilizan la aceleración de electrones para recrear la muestra.
Los electrones en estos tipos de microscopios eléctricos se potencian en un rango de 50 a 30.000 voltios, utilizando los voltajes más bajos para analizar muestras biológicas.
Por otro lado, los voltajes altos se utilizan para muestras que no corran peligro, por lo cual, la resolución obtenida es mayor.
Los microscopios electrónicos de barrido se utilizan con más frecuencia en biología celular, y aunque el zoom máximo es menor que los equipos electrónicos de transmisión, éstos permiten diferenciar en mayor medidas muestras texturizadas.
Por otro lado, existen diferentes métodos para generar imágenes 3D con un microscopio electrónico de barrido.
Esta tecnología consiste en tomar una primera imagen centrada a la muestra y posteriormente, tomar otras dos imágenes moviendo el haz de electrones algunos grados hacia ambos lados.
De ese modo, captando las imágenes y sobreponiéndolas con colores rojo y azul se recrea una verdadera imagen en 3D.